聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)技術(shù)是在體外進(jìn)行的由引物介導(dǎo)的酶促DNA擴(kuò)增反應(yīng)。PCR的原理是在模板DNA、PCR引物、四種脫氧核糖核苷酸(dNTP)及適當(dāng)濃度的Mg2+存在的條件下,依賴于DNA聚合酶的體外酶促合成反應(yīng)。兩個(gè)引物分別位于靶序列兩端,同兩條模板的3’端互補(bǔ),由此限定擴(kuò)增片段。PCR反應(yīng)由一系列的變性→退火→延伸反復(fù)循環(huán)構(gòu)成,即在高溫下模板雙鏈DNA變性解鏈,然后在較低溫度下同過(guò)量引物退火,再在適中溫度下由DNA聚合酶催化進(jìn)行延伸。理論上,經(jīng)過(guò)N次循環(huán)可使特定片段擴(kuò)增到2n-1,考慮到擴(kuò)增效率達(dá)不到100%,所以通常經(jīng)25到30次循環(huán)可擴(kuò)增到106倍,足夠后續(xù)實(shí)驗(yàn)展開(kāi)。下面分享提高PCR反應(yīng)的特異性方法:
1、巣式pcr(Nest-PCR)可增加稀有靶序列的靈敏度;降低了擴(kuò)增多個(gè)靶位點(diǎn)的可能性;提高PCR特異性2、遞減PCR(Touch Down PCR):前幾個(gè)循環(huán)使用嚴(yán)謹(jǐn)?shù)耐嘶饤l件提高特異性;循環(huán)設(shè)在比估算的Tm高大約5℃的退火溫度下開(kāi)始,然后每個(gè)循環(huán)降低1-2℃,直到退火溫度低于Tm 5℃ 。適合用于AFLP、DNA指紋分析等。
3、熱啟動(dòng)PCR:抑制一種基本成分延遲DNA合成,直到PCR儀到達(dá)變性溫度。如在冰上配制PCR反應(yīng)液以抑制Taq酶活性,后將其置于預(yù)熱的PCR儀中。
4、使用PCR增強(qiáng)劑:甲酰胺,DMSO,甘油,甜菜堿等可以降低熔解溫度,有助于引物退火,輔助DNA聚合酶延伸通過(guò)二級(jí)結(jié)構(gòu)區(qū)。但是增強(qiáng)劑的濃度要適當(dāng)。
5、可使用engreen的PCR試劑,添加改良的DNA聚合酶,大大提高擴(kuò)增產(chǎn)物的特異性和保真性。